Опубликовал библиотеку, которая помогает работать с Nested Set Tree. Пока что не реализован весь функционал, но можно уже пользоваться тем, что есть. Постепенно буду его добавлять и улучшать.
Ссылка на репозиторий: https://github.com/bupy7/doctrine-nested-set