Написал статью для Хабрахабр о своей заготовке web-приложения на ZF3. Почитать про это можно здесь.
Также, напоминаю, что zf-app-blank медленным, но уверенным темпом развивается. На сегодняшний день версия проекта 1.6.2! Если вы еще это не попробовали, то стоит сделать в ближайшем времени. P.S. Документации временно нет. =(